WackoWiki позволяет полностью изменить свой внешний вид, не вмешиваясь в основной php-код — это осуществляется с помощью тем, которые хранятся в каталоге themes.
Тема определяет внешний вид всех страниц вашей инсталляции и может быть установлена с помощью добавления (или изменения) в wakka.config.php следующей строки:
<?
"theme" => "tabs",
?>
В дистрибутиве поставляется две темы: default — которую вы можете наблюдать на инсталляции WackoWiki:WackoWiki и tabs, которая установлена, например, в ShWacko:WackoWiki.
Если вы хотите придать вашей инсталляции индивидуальность — лучше всего создать новую тему.
Новая тема лучше всего создаёт копированием старой в новый каталог и вдумчивым исправлением скопированных файлов.
Если вы послушались совета и не меняли существующие темы, а создали новую путём копирования, то с upgrade больших сложностей не возникнет. После обновления скриптов вака будет работать с вашей индивидуальной темой как и раньше.
Другой вопрос, если вы захотите включить в свою тему нововведения из одной из стандартных тем — для этого вам понадобится какая-нибудь программа навроде yandex:WinMerge и некоторое терпение. Отследив изменения в стандартной теме с помощью WinMerge, включите их в свою тему и готово!
Файлы разбиты по следующим папкам:
Здесь расположены php-файлы, отвечающие за вывод шапки и подвала страницы, окружающих контент-поле (то, в котором выводится сам документ ваки).
Что там находится вы догадаетесь без труда, раз уж взялись перелопачивать тему.
Не будем пояснять каждую инструкцию css-файла, заметим лишь, что в теме default в css-файле содержатся преимущественно стили для самой вака-разметки, тогда как CSS темы tabs содержит ещё массу своих, специфичных инструкций, который написаны с использованием заглавных букв, чем и отличаются от тех, что предназначены для вака-разметки
В этой папке — куча иконок, которые использует вака-форматтер или файлы из папки appearance.
Для вака-разметки важно наличие там иконок:
Как и в локализации, здесь находятся языковые файлы.
Эти файлы присоединяются вакой после присоединения основного языкового файла и служат для замены каких-то терминов из стандартного набора или использования новых, специфичных для темы. Создавая тему, создайте там файлов по числу существующих языков (см. локализация про то, какие они и сколько их) — если не можете перевести на немецкий — напишите хотя бы по английски (или наоборот, если вы знаете немецкий, но с английским туговато).
Если вы создадите новую тему и она покажется удачной, 
присылайте её нам. Заранее спасибо.
С большой долей вероятности она будет выложена на данной странице либо включена в дистрибутив.
http://komar.org.ua/wakka_theme_komar.tar.gz